L’OMCT dispense son assistance médicale en priorité dans les pays où la torture a été commise, en coopération avec les organisations locales du réseau SOS-Torture et les centres de réhabilitation des victimes. Il est en effet plus efficace, en terme de temps et d’argent, de soigner ces victimes dans leur propre pays, si les conditions le permettent, voire dans un Etat voisin, plutôt que de les transférer dans un pays occidental. Parfois, l’état de santé d’une victime nécessite son transfert dans un pays développé. Dans un tel cas, la décision est prise sur la base d’un certificat médical, en coordination avec l’ONG membre du réseau SOS-Torture qui a déposé ou transmis la demande d’assistance.
Parmi les diverses formes d’assistance médicale fournies par l’OMCT, il faut citer :